1 августа 2012 года в 19:35:12 UTC (23:35:12 мск) с ПУ № 5 площадки № 1 космодрома Байконур стартовыми командами предприятий Роскосмоса осуществлен пуск ракеты-носителя "Союз-У" (11А511У-ПВБ) № Л15000-134 с грузовым транспортным кораблем "Прогресс М-16М" (38738 / 2012-042А).
После штатного отделения от третьей ступени носителя, корабль выведен на околоземную орбиту с параметрами:
- минимальная высота над поверхностью Земли – 194,36 км;
- максимальная высота над поверхностью Земли – 244,57 км;
- период обращения – 88,59 мин.;
- наклонение – 51,66 град.
Стыковка "Прогресс М-16М" с МКС запланирована на 2 августа в 01:24 UTC (05:24 мск), на четвертом витке.