2 ноября 2011 года в 11:41:35 UTC (15:41:35 мск) грузовой транспортный корабль "Прогресс М-13М" в автоматическом режиме успешно пристыковался к стыковочному узлу на модуле "Пирс" Международной космической станции. Корабль доставил на станцию более 2,6 тонн грузов, необходимых для поддержания полёта МКС в пилотируемом режиме и реализации программы научно-прикладных исследований на её борту. В их числе малый космический аппарат "Чибис-М" для нового эксперимента "Микроспутник".
Последний раз транспортный корабль прилетал на МКС в июне. Стартовавший за этим в августе "Прогресс М-12М" до орбиты не добрался. На 325-й секунде полета в газогенераторе двигателя третьей ступени возникли неполадки и он отключился. В результате третья ступень "Союза" вместе с неотсоединившимся аппаратом взорвалась и сгорела в плотных слоях атмосферы.