26 июня 2002 года в 05:36:29 UTC (09:36:29 мск) с 5-й пусковой установки 1-й площадки 5-го Государственного испытательного космодрома Байконур стартовыми командами Российского авиационно-космического агентства при поддержке боевых расчетов Космических войск РФ осуществлен пуск ракеты-носителя "Союз-У" (11А511У), которая вывела в космос грузовой транспортный корабль "Прогресс М-46" (27454 / 2002 033А).
          Через 530 секунд после старта корабль отделился от носителя и вышел на околоземную орбиту с начальными параметрами:
          наклонение - 51,64 град.;
          период обращения - 88,56 мин.;
          минимальное расстояние от поверхности Земли (в перигее) - 193,4 км;
          максимальное расстояние от поверхности Земли (в апогее) - 242,4 км.
          Основная цель запуска - доставка на борт Международной космической станции (МКС) различного оборудования и грузов общим весом 2580 кг, в том числе 1075 кг топлива для станции, 50 кг кислорода в баллонах средств подачи кислорода, а также 1455 кг сухих грузов, в составе которых оборудование для систем обеспечения теплового режима и электропитания, средства обеспечения газового состава, противопожарной и индивидуальной защиты, медицинского, санитарно-гигиенического и водообеспечения, рационы питания, включая набор свежих продуктов, комплекты бортовой документации, видео- и фотоаппаратура.
          29 июня 2002 года в 06:23 UTC (10:23 мск) осуществлена стыковка в автоматическом режимегрузового транспортного корабля "Прогресс М-46" и Международной космической станции (МКС).